Los presidios del norte de México fueron establecidos para contener los incesantes ataques de los indios bárbaros, el de San Juan Bautista del Río Grande no fue la excepción, desde su creación fue el bastión que contuvo a los indios, que, procedentes del estado de Texas, efectuaban sus depredaciones en el norte de Coahuila, establecido en 1701 por el capitán Diego Ramón.
A la medianoche del 6 de marzo de 1715, fue atacado por los indios bárbaros y gracias a que su comandante soltó la caballada contra lo atacantes que logró quebrar su línea ofensiva, evitando la caída del fuerte. Mientras tanto la misión de San Juan Bautista era incendiada y saqueada por los indígenas, a pesar de la alerta lanzada por la vecina misión de San Bernardo al tocar su campana. Los misioneros de la misión de San Juan huyeron al norte encontrando refugio en la vecina Dolores de la Punta.
Ese ataque dejó desiertas a las dos misiones y tiempo después regresó fray Pedro Muñoz, quien llamó a familias españolas e invitó a pacíficos indios vecinos a repoblar la región. El alzamiento de los indios y la poca protección que brindó el presidio, obligó al capitán Diego Ramón a solicitar más tropas al virrey, pues en 1716 tenía sólo 8 soldados.
Solicitó 25 soldados, aumento de sueldo para ellos y una partida de 6 mil pesos anuales para proseguir la tarea de pacificación y de evangelización, pero el burocratismo y la indecisión del virrey retrasó el envío de auxilio. Ya repobladas las dos misiones, conservaron su condición de importantes en el norte de Coahuila y sur de Texas.
En su avance de catequización en esas misiones, se hicieron las dos únicas traducciones de catecismos a la lengua de los indígenas de la región, el “Manual para Administrar los Santos Sacramentos de Penitencia, Extremaunción y Matrimonio” de fray Bartolomé García y “Viacrucis”, de fray Marcos de Guereña.
A fines de 1760 se realizó la visita oficial al presidio de San Juan Bautista de Río Grande del marqués de Rubí y del ingeniero Lafora, que inspeccionaban las instalaciones presídiales de Coahuila y a su paso, dejaron recomendaciones para reponer o cambiar de 8 a 15 soldados en todos los presidios de la frontera, reubicando a algunos de ellos, pero respetaron el sitio del presidio de San Juan Bautista, al coincidir los dos inspectores, en que estaba muy bien ubicado y era uno de los dos que se encontraban en mejores condiciones y con mejor guarnición.
